수포액, 수포형성 상피세포 또는 인후두 부위 채취액 등을 검사시료로 하여 세포배양을 이용한 구제역 바이러스의 분리, 중합효소 연쇄반응(PCR) 법을 이용한 구제역 바이러스 특이 유전자 검출방법 및 항원 검출용 보체 결합 반응 또는 ELISA 검사법 등을 이용하여 구제역 바이러스를 검출하는 방법 등이 주로 이용된다.

혈액을 채취하여 혈청 내 구제역 바이러스의 항체 형성 여부를 검출하는 항체검사용 ELISA 검사법 등이 주로 이용된다.
현재 국내에서는 PCR 기법 및 ELISA 검사법이 구제역의 진단에 활용되고 있다.
구제역에 대한 최종적인 확정진단은 국제수역사무국(OIE)에서 지정한 구제역 국제표준실험실 (World Reference Laboratory)로 수포액, 수포 상피세포 및 혈청 등의 가검물 또는 감염동물로부터 분리한 바이러스를 송부하여 확진하게 된다.